Program Studi Ilmu Pemerintahan Universitas Sam Ratulangi memiliki akar historis yang tidak terpisahkan dari perkembangan kelembagaan ilmu sosial dan politik di lingkungan universitas. Cikal bakalnya dapat ditelusuri sejak berdirinya Fakultas Tata Praja pada 1 Agustus 1958 sebagai fakultas keempat dari Perguruan Tinggi Manado. Dalam perkembangan selanjutnya, seiring perubahan kelembagaan Perguruan Tinggi Manado menjadi Universitas Sulawesi Utara/Tengah dan kemudian Universitas Sam Ratulangi, fakultas ini juga mengalami perubahan nama dan struktur organisasi, mulai dari Fakultas Tata Praja, Fakultas Ilmu Sosial Politik, hingga akhirnya menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik.

Secara khusus, embrio Program Studi Ilmu Pemerintahan mulai tampak ketika pengembangan bidang kajian pemerintahan dilakukan dalam lingkungan Jurusan Administrasi Negara. Pada tahun 1978 dibuka Seksi Ilmu Pemerintahan pada Jurusan Administrasi Negara sebagai respons terhadap kebutuhan pengembangan keilmuan yang lebih spesifik dalam bidang pemerintahan, administrasi publik, dan tata kelola pemerintahan. Kehadiran seksi ini menjadi tonggak penting dalam sejarah pertumbuhan Ilmu Pemerintahan di Universitas Sam Ratulangi.

Dalam perkembangan berikutnya, Seksi Ilmu Pemerintahan mengalami penguatan secara akademik dan kelembagaan hingga berkembang menjadi Jurusan Ilmu Pemerintahan. Perkembangan ini menunjukkan semakin besarnya perhatian terhadap studi pemerintahan sebagai disiplin ilmu yang memiliki ruang lingkup tersendiri, baik dalam kajian sistem pemerintahan, politik lokal, kebijakan publik, hubungan negara dan masyarakat, maupun dinamika tata kelola pemerintahan di tingkat nasional dan daerah. Pada tahun 1981, Ilmu Politik kemudian diintegrasikan ke dalam Jurusan Ilmu Pemerintahan, sehingga memperkaya orientasi akademik dan memperluas cakupan kajian keilmuan yang dikembangkan.

Perubahan kelembagaan fakultas melalui Peraturan Pemerintah Nomor 27 Tahun 1981 dan Keputusan Presiden Nomor 72 Tahun 1982 yang menetapkan perubahan nama Fakultas Sosial Politik menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik semakin memperkokoh posisi Ilmu Pemerintahan dalam struktur akademik Universitas Sam Ratulangi